A pesar de que las características de los restos que hoy en día se mantienen en la Casa Torre de Berna son excelentes, no hay apenas datos sobre ella. Una Casa Torre que actualmente se mantiene en una situación bastante mediocre. A pesar de ello, y gracias a los documentos, podemos saber guardaba relación con los oñacinos favorables a San Juan pérez de Mújica, Muxika Butrón y Zaldibar de 1447.
Al consultar en el libro "Amorebieta-Etxanoko Monumentu Ondare", de José Manuel González Cembellín, se puede comprobar que fue construida en la mitad del siglo XV y renovada en los primeros años del siglo XVI.
Es una construcción ancha y pesada, baja y compuesta por dos pisos y un desván. El exterior lo componen unas fuertes paredes compuestas por piedras lineales poco trabajadas.
A pesar de los constantes cambios que ha recibido (la añadidura de un granero, nueva estructuración del revestimiento...) y la precaria situación en la que se encuentra, todavía persisten restos de la Edad Media en la parte delantera de la casa. Entre ellos, la entrada principal, el acceso tapado que se encuentra en el sur compuesto por arcos de punta media (datado posiblemente en el siglo XVI., según Juan Manuel Cembellín), y la janba situada en sureste.
Teniendo en cuenta los documentos y la tradición oral, esta construcción se puede considerar como casa torre. Sin embargo, en palabras del historiados Juan Manuel Cembellín, también existen razones para definirla como construcción entre casa torre y caserío. En su opinión, las construcciones de estilo gótico y no religiosas suelen ser relacionadas con las casas torre, en muchas ocasiones. Viendo la distribución, estructuración y funciones de los elementos, González Cembellin lo propone como una construcción con aspecto de palacio compuesta por temas para la defensa.
El elemento más reseñable de la Casa Torre de Bernagoitia es la escalera de la parte delantera, pudiendo ser olvidada por las peleas de los bandos y nunca conocedora de la obligación de protección. En la parte superior de esta escalera existe una entrada construida con arcos afilados.
Además de esa entrada, en la parte inferior hay otra entrada cubierta por arcos afilados. Las ventanas tienen arcos conopiales utilizados como elegantes adornos que seguían la moda de los palacios italianos.
Por lo que a la estructura interior respecta, se puede decir que es muy parecida a la construida en los caseríos durante muchos años. Sin embargo, es imposible confirmar este dato, debido a las continuas reformas que ha sufrido el edificio.
Erigida por el rey Iñigo de Navarra el año 887 y destruida durante la guerra civil. De ella sólo se conserva un escudo de la Casa de los Larrea en un pequeño parque que hay junto a la iglesia.
